Virtavesien patoaminen ja perkaaminen uiton, maankuivatuksen, tulvasuojelun sekä voimatalouden tarpeisiin on muuttanut jokien ja purojen hydrologiaa, heikentänyt veden laatua ja eliöstön elinolosuhteita. Virtavesien kunnostuksilla pyritään vähentämään tai korjaamaan ihmistoiminnan vaikutuksia.
Jokivesistämme 35 % on hyvää heikommassa tilassa Suomen vesien ekologisen tila-arvion mukaan. Tilaa heikentävät vesirakentaminen ja ravinnekuormitus. Luonnontilaisia puroja on enää hyvin vähän jäljellä, koska suurin osa on padottu tai suoristettu maa- ja metsätalousmaan kuivattamiseksi.
Kunnostusten tavoitteena on hyvän ekologisen tilan saavuttaminen ja turvaaminen sekä vaelluskalojen luontaisen lisääntymisen edistäminen. Kunnostuksia on tehty muun muassa velvoitetöinä, kalataloudellisina kunnostuksina sekä osana erilaisia hankkeita ja ohjelmia. Purokunnostuksia on lisäksi tehty vapaaehtoisjärjestöjen, osakaskuntien ja vesialueen omistajien talkootöinä.
Virtavesikunnostusten toteuttaminen tulee suunnitella huolellisesti, kertaluontoiset toimenpiteet eivät ole useinkaan riittäviä. Kunnostuksista tulee laatia yksityiskohtainen suunnitelma. Lisäksi kunnostukset ovat luvanvaraista toimintaa, joiden lähtökohtana on saada lupa maa- ja vesialueen omistajalta. Kunnostusta suunniteltaessa kannattaa olla yhteydessä alueen kalatalousalueeseen, osakaskuntaan ja kunnan ympäristöviranomaiseen.
Pienet kunnostukset voidaan suorittaa talkootyönä, jolloin pieneen jokeen tai puroon saadaan käsivoimin luotua esimerkiksi taimenelle soveltuvia kutusoraikoita. Suurempien uomien ja virtavesikokonaisuuksien kunnostaminen kannattaa toteuttaa koneellisesti. Koneellisen kunnostuksen jälkeen kohde voidaan viimeistellä talkoovoimin.
Kunnostuksien jälkeen vesistöt voivat taantua heikompaa tilaan, joten virtavesien seuranta on erittäin tärkeää. Lisäksi seurannalla saadaan tietoa siitä, miten kunnostus on parantanut vesistön ja eliöstön tilaa. Seurantaa voi kalakantoja silmällä pitäen tehdä muun muassa sähkökoekalastuksella.
Virtavesien kunnostamisesta on saatavilla nykyisin paljon materiaalia myös internetissä. Lisäksi kunnostajille on kehitelty VYYHTI II hankkeessa vesistökunnostajien verkoston ja paikallisten toimijoiden käyttöön uusia kunnostushankkeiden suunnittelua helpottavia selainpohjaisia työkaluja.